הרחקת הקבוצות האנגליות גרמה לסיום תקופת הדומיננטיות שלהן בטורניר. בשלוש השנים שלאחר האסון זכו בטורניר שלוש קבוצות חדשות: סטיאווה בוקרשט ב-1986 (עם ניצחון על ברצלונה בגמר), פורטו ב-1987 (עם ניצחון 2:1 על באיירן מינכן אחרי שפיגרה 1:0) ו-פ.ס.וו. איינדהובן ב-1988.

 

מילאן הצליחה לזכות בתואר ב-1989, והגנה על זכייתה בשנה שלאחר מכן. הזכיות הללו ידועות בזכות משחקם של שלושת ההולנדים מרקו ואן באסטן, רוד חוליט ופרנק רייקארד. ב-1991 החמיצה מילאן את ההזדמנות לזכות בגביע שלישי ברציפות, והפסידה לכוכב האדום בלגרד שגברה על מרסיי בדו-קרב פנדלים לאחר שהגמר ביניהן הסתיים בתיקו 0 - 0. הגמר של 1991 היה היחיד בשנים 1989 עד 1998 שבו לא נטלה חלק קבוצה איטלקית. האיסור על הקבוצות האנגליות כבר לא היה בתוקף עם תחילת עונת 1990/1991, אך ליברפול (שזכתה באליפות אנגליה) לא הייתה יכולה להשתתף בטורניר כיוון שעליה הוטל עונש של שנה נוספת.

 

הקבוצות האנגליות חזרו לטורניר ב-1991, לאחר שחזרו להשתתף בעונה שלפני כן בטורנירים אחרים (מנצ'סטר יונייטד זכתה בגביע המחזיקות). אולם, הן לא זכו להצלחה רבה בחמש השנים שלאחר תום ההשעייה בגלל "חוק שלושת הזרים" שמנע מהן לשתף את שחקניהן הטובים ביותר.

 

קבוצות הסרייה א' האיטלקית העפילו לשבעה גמרים רצופים, אך ניצחו רק ב-2. בגמר של 1992, שנערך בוומבלי, גברה ברצלונה של המאמן יוהאן קרויף על סמפדוריה משער של רונאלד קומאן בהארכה, אחרי 0:0 בסיום 90 דקות.

 

לפני עונת 1992/1993 שונה שם המפעל ל"ליגת האלופות". מרסיי ניצחה בגמר של 1993 את מילאן, בתוצאה של 1:0, אך הושעתה מהמפעל בשנה שלאחר מכן בגלל שערוריית שחיתות, כיוון שאליפות צרפת נשללה ממנה לאחר שהתברר כי טאפי ביצע עבירות בספרי החשבונות שלה. מרסיי היא הקבוצה הצרפתית היחידה עד כה (2015) שזכתה בטורניר.

 

ב-1994 גברה מילאן על ברצלונה בתוצאה 4 - 0, וזאת למרות שלפני המשחק נחשבה כבעלת סיכויים נמוכים לנצח בגלל היעדרם של שחקני מפתח בהגנה. מרסל דסאי, מגן מילאן, שיחק במרסיי כשזו גברה על הקבוצה האיטלקית ובכך קבע שני תקדימים: הוא היה השחקן הראשון שזוכה בתואר במשך שנתיים רצופות עם שתי קבוצות שונות, והוא היה גם השחקן הראשון שמנצח עם קבוצה אחת, עובר לקבוצה השנייה ואז מנצח גם איתה.

 

מילאן העפילה גם לגמר שלישי ברציפות ב-1995, אך הפסידה בתוצאה 0 - 1 לאייאקס אמסטרדם ששיחקה עם החלוץ בן ה-19 פטריק קלייברט. היה זה הניצחון הראשון של הקבוצה ההולנדית מאז 1973, אז ניצחה בשלושה גמרים ברציפות, וחלק משמעותי מהסגל שהוביל את אייאקס לניצחון בגמר שיחק גם במדי נבחרת הולנד. אייאקס העפילה גם לגמר של 1996, אך הפסידה ליובנטוס בדו-קרב פנדלים אחרי 1:1 בסיום 90 דקות.